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腸は自律神経の支配下で２４時間絶え間なく働き、人の意志とは関係なく自らの意思で働いています。
そのため第２の脳（セカンド・ブレイン）とも呼ばれています。
腸は脳から独立していて、たとえば事故等で脊髄を損傷したり、脳がダメージを受け植物状態になっても、腸は正常に働き続けることができるといわれています。
最近の研究で、「腸にも脳と同じような働きがある」ことがわかってきました。
また、脳に存在しているはずの神経伝達物質「セロトニン」が腸にも存在することがわかってきたそうです。
また、体内のセロトニンの９５％が腸でつくられていることも解明されつつあります。
腸は脳や脊髄からの指令がなくとも反射を起こさせる内在性神経系を持つ素晴らしい臓器なのです。

人の消化器官は、口から肛門まで１本の管でつながっています。一般に食べ物は、口から入っただけでは吸収されません。胃液や胆汁・膵液で分解され、その栄養素は腸で吸収されます。つまり、腸から吸収されて 初めて体内に入ったことになるのです。いわば腸は、栄養素を取り入れる体内への受付窓口なのです。
また、体の窓口である腸は、消化管を通して入ってくる栄養を吸収し有害な物質は排泄、そして有害菌等の侵入に対し幾重にもなるバリアをもって体内への進入を阻止します。まさに、体内の入り口を守る “ 関所的”働きをする極めて重要な器官です。

腸は消化管から流れ込んできたものを瞬時に判断し、仕分けをします。食べ物の消化・吸収は、およそ２～４時間くらいで終え、不要なものは神経細胞により内容物の固さ等を自動的に判断、適した形状にし、排便に備えます。
この機能がうまく作用しないと下痢や便秘になってしまいます。
こうして、およそ２４時間かけて、ゆっくり便の製造と排泄へ向けて作業が行われます。

腸はヒトの臓器の中で最大の免疫器官といわれています。口～胃～腸～肛門は「内なる外」と表現され、外部とつながり１本の筒のようになっています。そのため、侵入してくる病原菌や有害な化学物質等の異物から 体を守るために、多くの免疫防御機構が備わっているのです。それが腸のヒダ（絨毛）に張り巡らされている「リンパ細胞」です。 特に、回腸には免疫細胞が集中していてパイエル板というリンパ機構を形成しています。
腸を中心とした消化管は、免疫細胞をびっしりと終結させた、人体最大の免疫器官（臓器） といえるのです。

私たちヒトの腸内には、１００～５００種以上、１００兆個にもおよぶ腸内細菌が棲んでいます。
ヒトの体を構成している細胞数が約６０兆個といいますから、それをはるかに上回る数になります（重さに換算すると、１～１．５kgほど/脳と同じくらいの重さ） 。この腸内細菌は、同じ種類の菌が群生し、 まるでお花畑のように腸の壁面をびっしりと覆って生息していることから、腸内フローラ（腸内細菌叢）と呼ばれています。